黄药师乃是北宋武术名家周侗之徒。周侗曾为京城禁军枪棒教头，收徒岳飞，天下闻名。黄药师因祸得福，偶然拜得周侗为师成为文武全材之人之后，思想超脱，将世俗红尘看破，超然物外，决心要让古人的奇门遁甲之术重现天日，寻得海外桃花岛，开始勤学苦研。
黄药师本名黄固，浙江海宁人氏，家世不俗，祖上曾是与北宋苏东坡齐名号称“一祖三宗”的黄庭坚。
黄固可以说是出身书香世家，自幼便有神童之号，五岁能诗，七岁能赋，从小便才华满腹，超卓不凡。
十二岁这年，黄固因仰慕唐初卫国景武公李靖李药师，才兼文武，出将入相，更被李靖所著的《李卫公兵法》所折服，小小年纪便自作主张将其名改为药师。
黄药师如此出众，其父黄蕴石自是十分高兴，将其当宝一般，可是却另有担忧，黄蕴石认为，自古天份太高的神童，多半其寿不永，甘罗十二拜相，期年夭亡，颜回聪颖绝伦，冠绝孔门弟子，未及三十而卒。
黄蕴石深恐爱子天纵聪明，反而不寿，担心之余，时常带着黄药师寺观礼拜，参神拜佛，祈求神佛保佑。
海宁城外太白山麓有座天童寺，乃佛教禅宗五大名刹之一，寺里主持晓云禅师，年登花甲，身怀异术，不仅精通禅理，还能预卜休咎，知晓阴阳。晓云禅师一见黄药师形貌，不由诧异，便对黄蕴石说出，黄药师宁馨英畏，将来必会出人头地，名垂千古。
黄蕴石知道晓云禅师乃是得道高僧，自不会妄语称赞别人，高兴之余，不旋踵间，说出自己担忧，恐其在世上犹如昙花石火，一瞥即逝。
晓云禅师将黄药师叫到面前，以麻衣柳庄之学仔细端详，说出黄药师乃夭亡之相，年方十五时，将会遭遇丙火而亡。
黄蕴石不禁心中发毛，爱子今年十二，如若十五而亡，岂非还只有三年阳寿？
晓云禅师继续，黄药师人中到华盖之处，有条紧煞命纹，可通死亡之关，逃过天折大限，之后便可一帆风顺，扬名寰宇。
黄蕴石听了方才放心，遂问禅师如何能避免这丙火之厄。晓云禅师颔首而语，命理之相本就十分微妙，三年之内，多作善举，冀求回天，远离火源，便可逃却大难。
自此之后，黄蕴石对黄药师呵护备至，凡是有火之地，绝不准其靠近。
光阴苒冉，不觉三年，黄药师已然年满十五，黄蕴石更是格外小心，就连屋内火烛也不准其点。
这年秋季，适逢钱塘江潮水大涨。浙东人士有钱塘观潮赏景，祓除不祥之俗，黄家自是也不例外。
但见，海天远处，泛起一条白线，刹那间凉飒逼人。白线渐近，声若雷震，潮头丈高八九，有如长城峻岭，经天而来，声势雄伟已极。
黄蕴石紧握黄药师之手，正在出神观看之际，那知变数俄顷，祸生肘腋。
黄家父子身后有一观潮的老头，欲用火镰火石，敲出火星燃点长杆烟筒的烟丝，不想才把烟丝点着，一阵狂风刮来，将一大团着火的烟丝，吹到了黄药师背后的衣领之上，刹那间便把黄药师的衣领燃烧起来。
黄药师全神观潮，顿觉颈后灼热，立即回头来看，一下望见火光，不禁魂飞魄散。本来衣服烧着，本是小事，然而黄药师自小不触烛火，并常听家人说起天童寺主持之言，十五岁这年，必有火厄，因此不自然的养成畏火心理。
黄药师看见衣领着火，立即把身一耸，冲出人群，发狂也似的向海塘奔去。人群距海塘不过十丈远近，黄药师这一拼命奔跑，几卜起落之间，已经到了海塘旁边。
黄蕴石和另外几人急忙冲出人群，要跑去把黄药师拉回，那知才跑几步，只听一声大响，月影银涛，光摇喷雪，云移玉岸，浪卷轰雷，八九丈高的潮头已经拍在岸边，白练到处，黄药师全身吞没在水云之内。潮来凶猛，退得也快，眨眼之间，潮头倒卷，海塘上潮水退得干干净净，黄药师也失了踪影。
黄蕴石眼见爱子被浪潮卷去，情知凶多吉少，有死无生，忍不住放声大哭，形如疯狂，欲要投水自溺，和爱子同归于尽。众人死命拉住，方才止住。
却说黄药师被潮头卷入江里，只觉眼前一花，人已没顶，身子在波涛内滚了几转，陡觉一股重若万钧的水力，向胸口压来，哎呀一声，便晕了过去。
不知在水中漂流多久，黄药师昏惘之中，只觉被一物勾住，拖上岸来。又不知多久，黄药师这才悠悠醒转，发现自己躺在一艘渔船之上，身边坐着一位蓑衣老人，年逾知命，须发漆黑，神采奕奕。
但见这位蓑衣老人霍地站起，眼向水里一瞥，突然举起手掌，向着水面一击，只听哗啦一声水响，水面如同投入千斤巨石，波浪平处，海面浮出两尾二尺多长的青鱼，肚腹朝天。
黄药师自小聪明，知道此类大鱼通常在海面十尺以下游行，蓑衣老人居然能在举手之间，隔着丈多深的海水用掌把鱼震死，武功渊深可想而知。
蓑衣老人正欲弯腰把鱼捞起，听道黄药师竟能说出劈空掌的功夫，当下晒然一笑，问其如何得知？
黄药师虽不会武功，但也常听旁人说起，劈空掌练得到家，可隔墙打熄烛火，丈外活剖牛腹，今见蓑衣老人隔海将鱼击晕，遂想当然的以为。
蓑衣老人娓娓而道，劈空掌乃阳刚之劲，只可摧毁刚硬之物，对无形的海水却不中用，更不能在水中击杀大鱼，自己刚才所用的乃是混元掌，比那劈空掌要强百倍，二者不可同日而语。
黄药师见其武功高深，有心拜师，遂问其名。原来蓑衣老人乃是大名鼎鼎人称"陕西大侠铁臂膀”的侠士周侗。
周侗乃世外高人玉虚子之徒，有经天纬地之材，万夫莫敌者之勇，然徽宗皇帝信任蔡京、童贯等谗佞之徒、误国之辈，闭塞贤路，周侗怀才莫遇，意懒心慵，流落江湖，做了个教书先生。
这日，周侗观潮之后，由定海访友回程，恰好遇到被海潮卷来的黄药师，他将人救起之后，无意间见这少年根骨非凡，乃福慧双修之士，不由的爱才心起，有心收其为徒，于是故意显摆一点武功，让黄药师心生好奇，以期主动拜自己为师。
黄药师一向久羡武学，今见周侗武功高强，自然心愿，遂纳头便拜。周侗得知黄药师乃黄庭坚之后，书香世代，心中大喜，于是将船掉头，前往海宁，找黄药师之父详谈收徒事宜。
半日之后，黄药师返抵家门。黄府门人见少主无恙回来，不由大惊失色，以为白天见鬼，几乎失声大叫。
黄蕴石见说儿子无恙回来，口中不住念佛，一把搂住黄药师，喉头好似被东西咬住，久久不能说出半句话来，以为神佛有灵，助其脱了险境。
黄蕴石听说周桐救回孩儿，方才如梦初觉，宾主相让走入客厅，坐下寒喧，黄药师便将周侗在海上搭救自己的经过详细说与父亲，黄蕴石欲要纳头就拜，周桐伸手将其接在椅子，说出心中所想。
原来，周桐见黄药师天纵聪明，譬之美玉在璞，明珠在椟，如果不遇名师巧匠，始终不能雕琢成材，有心收其为徒，希望黄蕴石能首肯。
周侗曾为京城禁军枪棒教头，拳棒之精，收徒岳飞，天下闻名，黄蕴石听说周侗愿意收黄药师做徒，正所谓求之不得，不禁大喜应允。
自这日起，周侗便在黄府居住，做了西宾，黄药师也开始跟随其文武二学。
周侗教授之法，与众不同，单日练武，双日习文，武的并不重刀枪拳棒，只重运气吐纳，文的并不重诗词歌赋，注重古今论文，譬如贾谊过秦论、欧阳修宦官论等，都是纵谈天下大势之论，并及太公阴符，孙吴兵法。
光阴苒冉，转瞬一年，黄药师文治武学，已经颇有根底，周侗又教他一些悬壶济世之学以及强身健骨的法门。
不觉已然三年，黄药师年满十八，黄蕴石吩咐其准备应考县试，希望黄药师能博取功名，光宗耀祖，那知黄药师却断然拒绝。
黄药师认为，读书并非为升官发财，如今奸臣当朝，蔡京童贯之流，朋比结党，非亲不取，非财不用，尤其太师蔡京，睥睨社稷，内怀不道，颠倒纪纲，恣意妄作，庙堂腐败，谈何功名？
人若学以致用，并非身居庙堂，才可成事，侯夷门抱关击柝，助信陵君窃符救赵，布衣之士张子房，扶剑破项而有汉家四百年天下，此等众人虽非身居高位，却也一样名垂千古。
黄蕴石听到黄药师此番论断，一时间气的手足直抖。然而黄药师天生执拗，他说不考，黄蕴石虽为其父，却也无可奈何，一气之下，立即成病，黄药师仍是心如铁石，不愿顺从。
黄蕴石气上加气，床榻牵缠数月，便自一病不起，一命归西。
黄药师葬了父亲，守孝三年，期间，周侗又增他不少才学，然而黄药师性情越来越僻，越来越怪，完全崇尚黄老之学，无为而治，更是习染魏晋竹林七贤之流风习俗，玩世不恭，自命清高，思想超脱，礼义非为我而设，圣贤豪杰亦不屑为。
周侗本意，原是想将自己一生所学，倾囊相授，使黄药师成为文武全材之人，做国家栋梁，那知黄药师却将世俗红尘看破，超然物外，自别世上，变的高不可攀，和自己本意大相径庭。
十年之后，周侗再无留恋，悄然离开黄家，不辞而别，黄药师却无放在心上，将家人遣散，房屋田地卖光，四海邀游，佯狂玩世，做一些仗义行侠之事。
不出一年，盘缠花光，黄药师突然奇思妙想，到那些名门镖局寻求帮助，可是他却狮子大开口，伸手便要几千两纹银。
这日，黄药师来到山东历城，拜访名震山东的总镖头柯辟邪。黄药师登门拜帖，张口便是纹银五千。
柯辟邪隐忍不发,狂笑黄药师凭何本事，狮子大开。黄药师陡然伸手抓向堂中紫檀条案，五指宛如钢钩，巴掌大的一块木料便在手中，举手一扬，木料宛似弹丸离弦一般，向廊下兰锜飞去，只听三声大响，薄如手掌的檀木，竟将兰锜之上插的三只铁枪的枪尖，齐齐打折！
柯辟邪见状，大惊失色。照理来说，铁比木硬，只有铁削木之能，断没有木削铁之理。可是黄药师却在举手之间，竟用小小木料同时打断三只铁枪，气功之精，内力之劲，可见一斑。
柯辟邪虽震惊黄药师之绝技，但他话语气焰冲天，不留情面，心头仍是火发三丈，遂展开神拳绝技，猛向椅中端坐的黄药师胸口撞去。
也不见黄药师闪身作势，人已离椅，柯辟邪一拳打在椅上，但见椅子变成无数断木碎屑。
黄药师冷笑一声，右腿抬脚一蹴，竟把散在地上的木屑直踢起来，无数木屑宛似炮弹一般，向柯辟邪迎面射来。
柯辟邪料想不到黄药师武功居然这样诡异，立即将身一闪，虽然躲过头脸，腰背却被木屑击中，疼痛异常。柯辟邪恼羞成怒，拔出金背砍山刀，便向黄药师头顶劈去。
那知刀才出手，柯辟邪猛觉眼前一花，啪啪两响，面上已挨了黄药师两记耳光，手中金刀也被夺去，黄药师用力一掰，金刀齐中断成两段。
十几个镖局伙计见状，随即拔出兵刃，群起而攻，然黄药师两臂一伸，直入人群，瞬间夺去武师兵刃，随手掰折，掷到地上，接着一抬右腿，扫倒数人，霎时之间，十多个武师头青面肿，叫苦连天，争先恐后的向门外跑逃。
黄药师望着呆若木鸡的柯辟邪，银子也不要，大踏步的出门而去。
经此一闹，黄药师名声鹊起，每当他再向镖局讨要银子，这些镖局个个忍声吞气，双手捧上。
如此三年，黄河以北的镖局镖师对黄药师皆畏如神鬼，万人咒骂，武林中人也无人敢与之较量。
黄药师回到江南故里，途经雁荡山，见这里山峰峻丽，花明柳媚，景物幽胜，于是将周侗赠给自己的易理之书，太公阴符之术，在此苦苦揣练，开始一心一意的仔细研究先天易理，奇门生克，五行变化之学。
此种本领也称之为奇门遁甲，却绝非迷信愚人之术，而是古人行军布阵的一种绳规墨矩，诸如孙膑大败庞涓于马陵道，用的便是这奇门遁甲之术，然自秦始皇焚书坑儒，奇门遁甲之术便荡然无存。
待到汉末三国，蜀汉丞相诸葛亮由他岳丈襄阳名士黄承彦那里学了一些奇门遁甲的皮毛，并在鱼腹浦摆下八阵图，围困东吴大将陆逊，可是三国之后，再也无人会这种奇门八阵。
黄药师自负绝世聪明，根基禀赋，发誓要让这奇门遁甲之术重见天日，于是在雁荡山深处，垒石为阵，细心考究。
半年之后，黄药师方才将这奇门八阵的方向弄清，又过半年，又把六十四位卦图方位排成，即便颠来倒去，也不错误。
黄药师将山中野兽放入奇门石阵之中，就算是左窜右突，也不得逃出，黄药师知道自己这奇门遁甲之术已初见端倪，不禁仰天长啸。
猛然，黄药师突发奇想，自己如果凭着一身武学，在浩瀚汪洋中，占据一岛屿，收罗门徒，摆下奇门石阵，纵然不能海外称雄、青史留名，也可在武林中大放异彩。
黄药师先从东海沿岸找起，长山八岛，老铁山头，再到庙岛群岛，七星洋各岛屿，找来找去，经历岛屿百十多个，始终没有找到一个称心心意。
在黄海尽头鳖头洋黄药师见一岛屿，峰峦叠起、礁奇石怪，林木参天、枝干虬蟠，岛上郁郁葱葱,桃花绿红黄紫,端的是繁花似锦，一抹如画云海，恍若置身桃源仙境。
黄药师将此岛命名桃花岛，自认岛主，自此开始在此勤练武学，苦研奇门遁甲之术。